在過去十餘年間，跨學科研究雖然獲得一些研究方法上的進展，但跨學科研究概念的詮釋、研究問題的定義、問題框架的建構以及問題的解決方案仍受到強烈關注，例如跨學科的詮釋及研究議程並未涉及更廣泛的社會和政治層面。然而普遍採用的問題框架、問題分析和實施等三方面的次第已獲得擴展和應用。這種方法學上的發展源於過去十餘年間進行的許多研究計劃和項目所積累的成果，例如：在研究計劃和項目的共同設計過程中，跨學科研究可提供相關學術和非學術參與者之間人際互動關係的特定貢獻，資訊和知識的共同生成以及研究結果產出的共同實踐，這將擴大理解當前跨學科探究的未來。

在可持續和不持續未來的研究中，跨學科研究應該從人類心智(human mind) 探索的能力發揮開始，以創造性地思考可抉擇的未來(alternative futures)，也就是透過群體思維的研究過程提供知識的集體建構。這種思維方式解釋了如何超越對複雜社會問題的傳統科學對應的界限。這種轉換性思考包含處理近真實未來(plausible futures)的社會、物質、倫理、審美、移情和反思性的問題。對於邇來受到高度關注的生態、經濟、政治和其他社會趨勢研究而言，地球上人類生命和可持續生存的積極未來是難以想像的，需要透過跨學科研究建立在人類集體思維的想像，鼓舞共同創造更高層次分享理解的能耐，亦即：從傳統知識生產過程轉向針對人類對可抉擇未來的思考能有更廣泛的詮釋與舉措。

然而跨學科研究仍有其相當大的發展空間。在過去的十餘年中，傳統科學在使用經驗知識制定關於社會挑戰的政治議程方面的責任性和可信度一直存在爭議，因為學科專業知識的範圍和限制，當面對越來越複雜的議題時，很難進行較具多面向的思維建構及共同知識的與整合，例如氣候變遷、資訊科技發展對人類社會的衝擊以及對人類生存與倫理議題。這些論辯指出了意識形態和社會運動對於科學研究的行為和結論影響的問題。在這種情況下，跨學科研究在科學素質和影響變化的能力的貢獻仍有高度的發展空間。為了解決此一問題，跨學科研究可以增加研究過程的相關性，並可以提升公民社會利害關係者對結果的接受度。