不同類型的知識和技術(knowledge and know-how)的整合是跨學科研究的核心要素（Bammer，2005）。一般研究者對於跨學科研究和其相關項目中所要進行不同類型知識整合所需要解決的認識論和方法論的關注較少。從整合批判的基礎角度而言，主要是一組渴望理論貢獻與另一組專注實踐需求之間存在著差異。在研究計畫進行期間，設計、實施和調整的整合過程是一項具有創造性的複雜任務，對跨學科概念和跨學科研究項目的成果產出至關重要。知識整合應建立在建立共識的基礎上，而且為了達成所謂的「共同結果（a common result）」，研究過程的「認識管理(epistemic management)」是必要的。因此，在研究項目中將整合科學方法合併和排序的使用，發揮綜效，對於其科學性和有效性及結果至關重要。

跨學科研究的三個主要特點是關注社會問題、跨越傳統個別學科領域的界限、以及利害關係者的參與。使用科學社群協同的組織架構，以及外部激勵與個別對於研究策略定義的個人偏好之間的相互關係來研究問題是需要的。然而仍有其障礙存在，這些會呈現在個人與機構的認知及研究經費的財政支持上。

這些問題首先是存在著重要的參與者與機構障礙(institutional barriers)，此等障礙會在個人動機和外部標準之間產生衝突。植基於此，就需要定義和應用符合跨學科研究目標的評估系統和專業路徑，以加強有關會面對社會主要挑戰的政策界面。事實上，不同類型的跨學科之間的概念雖有所別，但仍具有不同程度的相關性，因此跨學科研究在特定情況下可以呈現某些貢獻比其他領域類型的貢獻更合適。 

其次，研究經費越來越多針對社會問題以及應用研究，以解決這些不同面向問題的相關性，但跨學科這一術語並未獲得廣泛應用。理由是缺乏跨學科研究的共同概念框架，這是研究經費難以增加的另一個重要障礙。儘管跨學科性尚未被普遍引用，但其許多基本原則都應用於通常被稱為知識交流和研究的共同生產過程中。邇來在世界各國逐漸獲得國家政策研究的財政支持。這種支持和對學術研究的財政影響與其社會相關性日益受到關注有關，尤其是與公共衛生和創新技術等現實世界問題相關的知識。跨學科研究（無論所謂多學科(multi-disciplinary)，科際整合(inter-disciplinary)或跨學科(trans-disciplinary)）仍存在對政策定義和實施的影響的一般性問題，例如：即使決策者沒有充分整合利害關係者的觀點，利益害關係者參與跨學科研究就是否會賦予決策者可以做出合法性的決策呢？

這些機構性，認識論或方法論的障礙的排除在近十餘年來的跨學科研究中有了一定程度的貢獻，是否正說明一種「新思維方式」正在滋長，尋求重新組織傳統學科結構的可能？這是否也是基於對跨學科研究的認可，這種研究本身就是一種特別針對全面性社會問題的研究。

其三，縱然跨學科研究逐漸獲得重視是一個事實，尤其在大學研究環境下受到鼓舞。儘管對術語的意涵和用法，例如多學科，多元學科(pluri- disciplinarity)，科際整合，以及跨學科等不同名詞，缺乏普遍一致的看法，但在群體溝通過程中，研究團隊參與者間對於概念性詮釋經常不被討論、協商或共同定義。這種缺乏對話和共識的舉措是實施跨學科和跨學科貢獻的第三個重大障礙。這一障礙是由傳統研究學科領域的認知，科學知識的產生以及跨越傳統學科界限的整合所產生出來的。這就是為什麼跨學科和跨學科研究應建立在溝通、對談、協作和共識建立的過程之上的原因。然而，處理科學和非科學思維方式所面臨的挑戰必須超越學科研究參與者，在超越傳統學科界限之前加以解決以便獲致合作研究的可能。