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跨學科研究的參與者問題如果要應對越來越複雜的社會挑戰,跨學科需要更具有科學性。研究上首先需要清楚的概念性架構。除了議題本身之外,研究者或潛在的主要利害關係者的權力與控制的問題亦需具有客觀科學性的認識論。科學知識始終被強調的客觀與中立的認識論,在對於研究者與主要利害關係參與者的權力與控制的不對稱性應該要被確認與論辯,例如跨學科研究過程的轉換能力(transformative capacity)一直備受質疑;所有參與者的地位應該被釐清,為的是了解他們如何以及為何能影響知識的共同產出,亦即:研究者與參與者權力和操控的不對稱性控制問題。因此產生了幾個被討論的問題,例如研究議題的框架是什麼?研究的邊界如何?參與者和相關的組織或機構有哪些?他們的角色地位為何?如何蒐集議題的相關資訊?這些資訊又如何進行交流與綜合?綜合的結果又如何評析?這都是關於科學客觀性的論辯問題。
對於跨學科的研究,從科學客觀性的角度而言,或許可運用下列步驟進行:
1. 參與議題討論的成員和組織的確定;
2. 研究議題的確定;
3. 研究議題核心問題的確定和研究議題邊界範圍的界定;
4. 議題分析架構的選擇;
5. 資料蒐集方式與內容的確定;
6. 議題研究與資料的分析和研究結果的綜合;
7. 研究結果的交互討論和溝通。
儘管過去十餘年間,有許多文章採用跨學科的研究,獲得一些進展,但在實際研究的領域中,知識整合的研究仍然很少被具體概念化或正式調查。非科學參與者在跨學科探究中的角色和責任本身也仍未被確認為參與研究的對象。這是跨學科研究缺乏自我批判或未能達成正式的研究成果,此應與跨學科貢獻附加值的基本假設成熟與否有關。