跨學科研究是一種知識生產的協同過程，因此會產生一些與具有不同背景和職位之參與者的協同研究所引發的相關概念和方法論的議題，主要包括：跨學科的目的是什麼？誰應該參與？可以使用哪些方法？跨學科研究強調反身性(Reflexivity)。跨學科研究不僅涉及研究者，還針對研究計劃管理者、不同背景的專家與科學家、研究項目的資助者以及政策決策者等多方面的利害關係者，然而對於在可持續性(sustainability)議題的跨學科研究中的反身性基本角色很少受到關注。在跨學科研究上，定義的使用和問題界定，問題分析的規範性假設和價值觀點幾乎缺少獲得明確的對話。針對這樣的質疑，或許可以運用反身性的特性結合共識建立過程與開放性行動導向的轉換性研究方法，以解決可持續發展框架內的具體問題。

反身性(reflexivity) 的四個主要特徵包括：為了發展對問題的共享理解進行協同研究；問題設計具社會相關性；社會實驗和集體學習過程；以及批判性與轉換性的研究議程。運用這些描述性、分析性和轉換性 (descriptive, analytical and transformative) 的特徵來呈現一種可用於評價跨學科研究中反身性作用的方法類型。依據參與的利害關係者的認知和社會角色，可呈現四種不同類型：複雜系統研究(complex systems approach)；技術過渡管理研究(technocratic transition management approach)；大同儕社群研究(approach with an extended peer community)；以及批判-轉換研究(critical-transformational approach)。最近的研究成果呈現了這些跨學科方法分別在不同的議題研究中被使用過。